Olá Isabelle, tudo bem?
Após a inscrição em Dívida Ativa, a gestão é feita pela PGFN (REGULARIZE), não pela Receita Federal, e o atendimento é totalmente online, sem abatimento manual fora das opções do sistema.
As parcelas negociadas e pagas no SIMEI podem abater a Dívida Ativa, desde que correspondam aos débitos inscritos, podendo levar alguns dias para refletir no REGULARIZE.
O parcelamento não baixa automaticamente o protesto; a baixa só ocorre após a quitação ou autorização da PGFN e os custos do cartório são do contribuinte.
A baixa do MEI não extingue a dívida, que permanece vinculada ao CPF, afetando crédito.
O acesso ao REGULARIZE deve ser feito com o GOV do cliente, salvo se houver procuração.
Espero ter ajudado.