Olá Thaina
Correto seu pensamento. Concentrar tudo no CNPJ pois no CPF a tributação é maior.
Em relação ao IR, o que recebeu no CPF vai tudo em rendimentos tributáveis, já os rendimentos do MEI tem uma particularidade:
Se o MEI não tem contabilidade regular, a orientação da Receita Federal é separar o que é lucro isento e rendimentos tributáveis. Como a atividade é comércio, se usa a presunção de 8% para determinar o lucro isento e a diferença é toda tributada.
Ex. MEI Faturou 80.000 em 2024
Lucro 8% - 6.400
Rend. Tributáveis - 73.600
Se o MEI tem contabilidade regular, todo lucro é isento.
Espero ter ajudado.