Olá Gabriel, tudo bem?
Se o cliente atua como MEI e também como produtor rural pessoa física, é necessário considerar que são naturezas jurídicas diferentes e portanto, as receitas do MEI e as receitas da atividade rural não se somam para fins de limite do MEI, pois pertencem a pessoas diferentes: uma jurídica e outra física.
Porém, é de extrema importância nesse caso é manter a separação entre as atividades, utilizar contas bancárias distintas e cumprir corretamente as obrigações fiscais de cada uma e manter um controle financeiro bem organizado e separado.
Porque se em algum momento a Receita Federal questionar a situação, o contribuinte poderá justificar com base nessa distinção que se trata de duas fontes de renda diferentes, desde que tenha tudo bem documentado e declarado de forma adequada, este seria meu entendimento.
Espero ter ajudado!