Oi, boa tarde!
Existem algumas possibilidades:
A Receita Federal pode ter registrado essa situação e, dependendo do caso, pode impedir o mesmo CPF de abrir um novo MEI imediatamente.
O sistema da SEFAZ pode estar considerando que ele ainda tem pendências do CNPJ anterior, impedindo a nova Inscrição Estadual.
É possível que o nome do empresário tenha sido incluído em alguma restrição estadual.
Algumas atividades exigem enquadramento fora do MEI no Ceará. Se o novo CNPJ estiver com CNAEs que não são permitidos para MEI, a SEFAZ pode indeferir a IE.
O que você deve fazer é um levantamento dessas questões, consultando tanto no e-cac na Receita Federal, quanto na SEFAZ do estado. Regularizar os débitos se houver, verificar a atividade econômica e fazer um novo pedido após todas essas verificações.