Olá Mariana
Nesse caso, a empresa precisa solicitar a alteração contratual, transformando em ME ou EPP, e optar pelo seguintes regimes tributário: Lucro Presumido ou Lucro Real.
Quando se perde o prazo não tem como voltar atrás, apenas aguardar o próximo ano calendário para optar novamente pelo SN e pelo MEI.
Espero ter ajudado.