Olá, tudo bem?
O desenquadramento do MEI funciona assim:
Se, durante o ano, o faturamento ultrapassar o limite permitido em até 20%, o desenquadramento ocorre somente em janeiro do ano seguinte. (Nesse caso ele pagará uma guia complementar com a diferença do que ultrapassou)
Mas, se o faturamento ultrapassar mais de 20% do limite, aí o desenquadramento será retroativo a janeiro do próprio ano em que ocorreu o excesso. (Nesse caso vai recolher os impostos desde janeiro como empresa do Simples Nacional)