Olá Higor
Se ele foi apenas desenquadradado por ultrapassar o limite permitido, ele segue no Regime Tributário Simples Nacional. Para saber se ainda é optante pelo Simples Nacional, entre no link abaixo e informe o CNPJ:
https://www8.receita.fazenda.gov.br/SimplesNacional/aplicacoes.aspx?id=21
E sim, será preciso realizar a alteração Contratual:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei-2024/3219064-desenquadramento
Espero ter ajudado.