Olá Juliana
Infelizmente, não há uma forma legal de não considerar a compra das peças no faturamento do MEI nesse caso. O valor total cobrado do cliente, incluindo peças e mão de obra, deve ser considerado como faturamento.
Como o cliente já ultrapassou o limite do MEI, ele precisará migrar para outra categoria empresarial, como Microempresa (ME) no Simples Nacional. Isso permitirá um faturamento maior e uma contabilidade mais adequada para separar custos e receitas.
Espero ter Ajudado.