Olá Ana Paula, tudo bem?
Se os rendimentos que ele te em 2024 foram somente os do CLT, você só irá informar a renda do CLT.
Você só informaria renda do MEI, se ele tivesse obtido alguma outra renda através do MEI e aí sim, faria o cálculo da presunção pra encontrar a parcela isenta a tributável.
Espero ter ajudado!