As notas geradas em uma nova versão devem ter a seqüência de numeração continuada em relação às notas geradas em uma versão antiga.O Software Emissor de NF-e inicia automaticamente a numeração, por série, em 1. O usuário deve alterar este número antes de emitir a nota para seguir a sequência da versão antiga. Como as notas geradas em outra versão não existirão na nova, o software avisa ao usuário que existe possível faixa de numeração a ser inutilizada. Este aviso deve ser apenas ignorado, pois as notas já devem existir em nossa base de dados.Quando o usuário não muda a numeração e emite na nova versão notas iniciando do número 1 ocorre um outro problema, caso as notas já existam. O sistema autoriza notas com o mesmo número e série, desde que em anos diferentes. Entretanto, a Portaria CAT 162/2008 dispõe que a numeração da NF-e será seqüencial de 1 a 999.999.999, por estabelecimento e por série, devendo ser reiniciada quando atingido esse limite.Caso já tenha emitido notas com numeração a partir do 1, deve lavrar termo no livro Registro de Utilização de Documentos Fiscais e Termos de Ocorrência (RUDFTO), modelo 6, narrando o ocorrido, depois de retomar a seqüência que vinha sendo utilizada na versão anterior.
https://www.fazenda.sp.gov.br/nfe/perguntas_frequentes/respostas_iii.asp
Espero ter ajudado.