Olá Rozanete
Uma vez desenquadrada seja por qualquer motivo selecionado, a empresa a partir do momento do Desenquadramento recolhe Deus tributos pelo novo regime ou porte, no caso uma ME tributada no Simples Nacional. A partir de Setembro, após o Desenquadramento, o Faturamento não é mais somado ao MEI, logo não tem essa preocupação de estourar o limite do MEI.
Apenas somaria, se não tivesse sido desenquadradado.
Espero ter ajudado.