Olá Sayonara, tudo bem?
Como o cliente foi desenquadrado do MEI, sim, será necessário realizar todo o processo de transformação na Junta Comercial. Após isso, o correto é enviar as obrigações acessórias.
Se ele também foi excluído do Simples Nacional e não teve movimento no período, é necessário enviar as obrigações federais, como o eSocial, DCTFWeb, e a DCTF mesmo que sem movimento. Além disso, é importante verificar se existem particularidades estaduais para garantir que todas as obrigações estão em dia.
Espero ter ajudado!