Olá Alex Sandro, tudo bem?
Em regra o MEI apura pelo regime de caixa, pois, considera-se o que foi efetivamente recebido, e não a data da emissão da nota ou da prestação do serviço.
Para o desenquadramento por excesso de faturamento, o critério também é o valor recebido no ano.
Assim, vale a data do recebimento da venda ou do serviço.
Se o excesso for superior a 20%, o desenquadramento é retroativo a 1º de janeiro do próprio ano.
Se o excesso for até 20%, o desenquadramento ocorre a partir de 1º de janeiro do ano seguinte.
Espero ter ajudado.