Olá Andressa, boa noite.
Sim, é possível que a sua colega tenha outra parcela para o mês de junho. O parcelamento do MEI permite até 60 parcelas, mas a parcela mínima é de R$ 50,00. Se o vencimento da primeira parcela foi em 12/06, as demais parcelas devem ser pagas mensalmente até o último dia útil de cada mês. Portanto, se houver outra parcela pendente para junho, ela deve ser paga até o último dia útil desse mês.
Quanto à segunda dúvida, mesmo que a empresa esteja com dívidas abertas do ano de 2023, ela ainda pode dar baixa no MEI. A baixa do registro não impede que os débitos sejam lançados ou cobrados posteriormente. No entanto, é recomendável quitar todas as dívidas antes de encerrar a empresa para evitar futuras cobranças.
Espero ter ajudado!