Olá @Ana Beatriz Pereira De Sales , boa tarde!
Em relação a notas fiscais:
O MEI estará dispensado de emitir nota fiscal:
a) nas operações com venda de mercadorias ou prestações de serviços para consumidor final pessoa física;
b) nas operações com mercadorias para destinatário inscrito no CNPJ, quando o destinatário emitir nota fiscal de entrada.
O MEI também está dispensado da emissão da Nota Fiscal Eletrônica (NF-e), ressalvada a possibilidade de emissão facultativa disponibilizada pelo ente federado.
Todavia, ficará obrigado à sua emissão:
a) nas prestações de serviços para tomador inscrito no CNPJ;
b) nas operações com mercadorias para destinatário inscrito no CNPJ, quando o destinatário não emitir nota fiscal de entrada.
(Lei Complementar nº 123/2006 , art. 26 , §§ 1º e 6º, II; Resolução CGSN nº 140/2018 , art. 106 )
Em relação ao faturamento:
Você deve considerar apenas o que está relacionado a atividade do MEI. Mas os demais recebimentos no CPF podem um dia ser questionados pela RFB pois o MEI como Empresário Individual, não possui separação patrimonial.
Espero ter ajudado!