Olá Larissa
Primeiro você precisa entender e separar o que de fato foi rendimentos tributáveis da sua cliente da fonte MEI.
Após isso, esses rendimentos será informado no campo Rendimentos Tributáveis recebidos de Pessoa Jurídica na declaração de IR com os dados da empresa MEI. No mesmo campo será lançado os rendimentos recebidos da área privada. Resumindo, sim, os valores são somados na declaração de IR.
Espero ter ajudado.