Olá Kézia, tudo bem?
Mesmo que a pessoa tenha mudado para empresa após setembro, ela ainda precisa fazer a Declaração Anual do MEI referente ao período em que estava registrada como MEI.
Como ela ultrapassou o limite de R$ 81.000,00 de faturamento até setembro, será necessário informar isso na declaração. O sistema fará automaticamente o desenquadramento do MEI, ou seja, ela será excluída do regime do MEI e, dependendo do faturamento, o sistema sugerirá o Simples Nacional ou outro regime tributário, conforme o faturamento e a atividade.
A mudança para empresa após setembro não gera problemas, mas é importante que ela regularize a situação do MEI até o período em que estava como MEI. Assim, o desenquadramento será feito corretamente e ela continuará com a tributação adequada.
Espero ter ajudado.