Olá, Fábio! Tudo bem?
A Receita Federal realmente tem notificado as empresas que ultrapassaram o limite do MEI e feito o desenquadramento de forma retroativa. Pelo meu entendimento, se o cliente já foi desenquadrado, não deveria mais constar como SIMEI, ou verifica direitinho como veio o termo de intimação, se há alguma outra orientação.
E por fim, recomendaria entrar em contato diretamente com a Receita Federal pelo chat para obter esclarecimentos oficiais.
Espero ter ajudado!