Olá Anne, tudo bem?
No meu entendimento, não se trata propriamente de ser certo ou errado, e sim, não é o recomendado. Mas na prática, para esse tipo de procedimento, em alguns casos acaba sendo necessário o acesso à conta gov.br do próprio titular, pois determinados serviços no e-CAC só ficam disponíveis mediante o login dele.
Ressalto que essa não é a forma recomendada. O ideal é sempre tentar realizar o procedimento por meio de procuração no e-CAC ou certificado digital, quando possível.
Contudo, não sendo viável por outros meios, e havendo necessidade de acesso à conta gov.br, o mais adequado é se resguardar formalmente, por meio de um termo de autorização ou cláusula contratual, no qual o cliente autorize expressamente o acesso à conta gov.br exclusivamente para a finalidade de alteração do MEI, com ciência e concordância.
Espero ter ajudado.