Olá Alexsandra, boa tarde.
Sim, é possível emitir uma folha de pagamento proporcional para um funcionário de uma empresa MEI sem fazer o encerramento; A folha de pagamento é elaborada e encerrada por meio do sistema eSocial;
No entanto, é importante lembrar que qualquer alteração na remuneração do funcionário, seja ela temporária ou permanente, deve ser devidamente registrada e refletida na folha de pagamento. Além disso, todas as obrigações fiscais e previdenciárias correspondentes devem ser cumpridas.
Manual WEB MEI — eSocial (www.gov.br)
Espero ter ajudado