Olá Ivan, tudo bem?
De fato, no caso do MEI, não existe um procedimento específico de cadastro para a retirada de pró-labore. Geralmente, o que ocorre é uma análise financeira ou o acompanhamento mensal da escrituração contábil do seu cliente para juntos, ser determinado o valor que o MEI poderá retirar mensalmente para cobrir suas despesas pessoais.
Pela provisão, a contabilização seria apenas:
D-Pró-labore (despesa)
C- Pró-labore a pagar (passivo)
E também, neste caso para esse MEI mantêm uma contabilidade mensal, é comum considerar, como base, o equivalente a 1 salário mínimo como pró-labore. Isso é importante, pois ao pagar o DAS mensal, que corresponde a 5% do salário mínimo, o MEI está contribuindo para o INSS (esse 1 salário entraria como rendimento tributável no IRPF).
E então, o valor restante for “retirado” para o sócio, após o abatimento do pró-labore (1 salário como sugestão) e outras despesas da empresa, pode ser caracterizado como distribuição de lucro. Em casos de MEIs que mantêm escrituração contábil, essa distribuição pode ser tratada de maneira similar à distribuição de lucros em outras empresas, como rendimento isento no IRPF.
Então, o valor que terá isenção dentro do IRPF, será esse lucro distribuído.
Espero ter ajudado!