Olá João
O desenquadramento do MEI é um ato cadastral e tributário perante a Receita Federal e o Simples Nacional, e não altera automaticamente o contrato social já arquivado na Junta Comercial.
No seu caso, como já existe contrato social registrado (a empresa já está formalizada como EI ou LTDA), e a correção feita foi apenas na comunicação do desenquadramento, não há necessidade de novo registro.
O contrato anterior permanece ativo e plenamente válido, apenas o regime tributário será ajustado retroativamente para refletir o desenquadramento desde janeiro.
Espero ter ajudado.