Ola Jéssica, tudo bem?
Esse erro acontece porque, apesar do desenquadramento do MEI já ter sido feito, a Receita Federal ainda não atualizou a natureza jurídica do CNPJ no sistema.
Enquanto a RFB ainda identifica a empresa como MEI, a viabilidade não consegue ser finalizada e retorna essa mensagem.
O ideal é aguardar alguns dias após o desenquadramento e verificar no Comprovante de Inscrição do CNPJ se a natureza jurídica já foi atualizada.
Se mesmo após esse prazo o erro continuar, é necessário abrir um Dossiê Digital no e-CAC solicitando a atualização cadastral, informando que o desenquadramento já ocorreu e que a pendência está impedindo a viabilidade na Junta Comercial.
Espero ter ajudado.