Olá Flavio, tudo bem?
Nesse caso, recomendo que você entre em contato com a Junta Comercial para confirmar o procedimento correto.
Em alguns estados, nessa situação, o próprio sistema da Junta gera automaticamente um distrato durante o processo de baixa.
Ainda assim, é importante confirmar diretamente com eles, pois poderão te orientar melhor sobre esse caso específico.
Espero ter ajudado!