Olá Daniela, tudo bem?
Recomendaria você entrar em contato com a Sefaz ou tentar um acesso no site da Sefaz do seu cliente para verificar quais as pendências estaduais.
Quanto a Gia precisa confirmar se terá multa por atraso na entrega, mas a EFD ICMS/IPI, tem sim.
Sobre a baixa do CNPJ, recomendamos a regularização de todas as pendências antes de realizar a baixa.
Espero ter ajudado.