Olá Thayna
O MEI caminhoneiro emite Conhecimento de Transporte Eletrônico (CT-e) em operações intermunicipais e interestaduais, e Nota Fiscal de Serviço Eletrônica (NFS-e) para transportes dentro do mesmo município ou para pessoas físicas.
Quando o transporte é intermunicipal, o documento fiscal exigido é o CT-e (Conhecimento de Transporte Eletrônico).
O MEI Caminhoneiro pode emitir CT-e, desde que tenha:
RNTRC ativo (registro na ANTT)
Inscrição Estadual no seu estado
Sistema para emitir CT-e
Nem todos os estados permitem que MEI tenha Inscrição Estadual. Se o seu estado não permitir, o MEI não consegue emitir CT-e.
Espero ter ajudado.