Olá Mayara, tudo bem?
No processo de abertura de CNPJ, somente o contrato social precisa ser enviado à Junta Comercial para registro.
O acordo de cotistas é um documento privado entre os sócios e não é exigido para registro na Junta Comercial, portanto não precisa ser enviado junto com o contrato social. Ele deve ser guardado pela própria empresa e pelos sócios, pois serve para disciplinar direitos e deveres internos, distribuição de lucros, quórum de decisões, entre outros.
Espero ter ajudado.