Olá Jennifer
Como houve uma mudança de diretoria o vice assumindo como presidente, deve ser registrado em ata de assembleia. Essa ata precisa ser registrada em cartório de pessoas jurídicas.
Verifique onde a cooperativa foi registrada originalmente:
Se foi cartório, a alteração deve ser feita no mesmo cartório.
Se foi Junta Comercial, deve-se protocolar lá.
Mudança de prazo de mandato é alteração estatutária, então precisa ser deliberada em assembleia geral; Constar em ata específica de alteração do estatuto e Ser registrada no mesmo órgão de constituição (cartório ou Junta).
Após registrado, é necessário atualizar o CNPJ na Receita Federal para refletir as alterações.
Não é necessário criar um estatuto novo do zero. Basta fazer uma alteração estatutária parcial, incluindo apenas o artigo referente ao prazo de mandato da presidência.
Espero ter ajudado.