Olá Wellington
A migração de atuação de pessoa jurídica para pessoa física não encontra impedimento legal, mas muda o regime de apuração e recolhimento do IR. Como autônomo precisa recolher o IR pelo carnê leão se o Faturamento ultrapassar a faixa de isenção, e nos serviços prestados para pessoa jurídica, deverá fazer a retenção do IRRF e emitir o Informe de Rendimentos.
Avise seus clientes que a partir de determinada data você passará a atuar como autônomo. Informe a eles sobre a eventual necessidade de retenção de IR ou pagamento via RPA, se forem PJ.
Em relação a conta PJ, ela pode ser encerrada ou convertida em PF, mas depende da instituição financeira.
Espero ter ajudado.