Olá, Ana Beatriz! Tudo bem?
Para conseguir realizar a baixa do CNPJ, o correto é regularizar primeiro as pendências, mesmo que o cliente esteja ciente das implicações e da dívida existente.
Na prática, com o CNPJ inapto geralmente não é possível efetuar a baixa diretamente, porque a Receita exige que o cadastro esteja ativo para processar o encerramento. Acredito que ao menos algumas declarações você vai precisar entregar, como por exemplo DCTF.
Espero ter ajudado!