Olá Adriana
Se o imóvel é alugado de pessoa física, o locatário (seja uma empresa ou outra pessoa física) tem obrigação de reter o IRRF (Imposto de Renda Retido na Fonte) quando for Pessoa Jurídica.
Se o imóvel é alugado de Pessoa Física, neste caso, não há obrigação de retenção. O locador deve utilizar o sistema Carnê-Leão Web para declarar os rendimentos de aluguel mensalmente.
Se a empresa locatária não reteve o imposto ela está em descumprimento da legislação tributária o que pode levar a uma autuação e ter que recolher o imposto com juros e multa e pode também levar à malha fina do locador, por inconsistência nos rendimentos declarados.
Espero ter ajudado.