Olá Ana
Deve ser feita primeiro a Comunicação do desenquadramento na Receita Federal no Portal do Simples Nacional (via código de acesso ou certificado digital) ou portal do ECAC.
Após comunicar à Receita, você deve regularizar a situação na Junta Comercial do Estado.
Em relação a Declaração Anual do MEI, ainda terá que entregar referente ao período em que permaneceu como MEI (janeiro até a data do desenquadramento). A DASN-SIMEI 2026 (ano-calendário 2025) deverá ser entregue até 31/05/2026, informando o faturamento obtido no período em que esteve como MEI.
A partir do desenquadramento, a empresa passa a apurar tributos pelo Simples Nacional como ME, devendo cumprir as obrigações acessórias correspondentes (PGDAS-D, DEFIS, GFIP/eSocial, etc.)
Espero ter ajudado.