Olá Kawane
A atividade de engenheira quando prestado através da PJ precisa estar regulamentada pelo conselho. Logo, os serviços de seu cliente pode ser prestado como PF e ficar apenas com um registro ou pagar as duas anuidades e abrir a PJ.
As atividades auxiliares (como gestão, compras, laudos gerenciais) podem ser feitas via CNPJ sem registro no CREA, mas os serviços próprios de engenheiro precisa do registro.
Espero ter ajudado.