Olá Pablo
A Natureza Jurídica - Empresário Individual, não interfere no Regime Tributário (Simples Nacional).
A empresa foi Desenquadradada do Simples Nacional, e como prazo passou não será possível voltar ao Simples em 2025, apenas em 2026.
Como foi Desenquadradada precisa atualizar a documentação perante os órgãos públicos, nesse caso, alterar a empresa de MEI para ME, e pode continuar com a Natureza Jurídica Empresário Individual ou alterar para LTDA.
Após essa alteração, a empresa precisa optar em recolher seus impostos pelo lucro presumido ou Lucro Real.
Espero ter ajudado.