Olá Maria, tudo bem?
Quando você tem um empresário individual, a empresa não é uma pessoa jurídica separada, então juridicamente não há distinção entre os patrimônios. A tributação, mesmo com CNPJ de EI, ocorre normalmente, você vai enviar as declarações, apurar os impostos e cumprir as obrigações do CNPJ, mas não há separação de patrimônios.
Por exemplo, se a empresa contrair uma dívida com a Receita Federal, a Receita pode penhorar os bens do CPF do empresário para pagar a dívida do CNPJ.
Se você quiser uma separação clara entre PJ e PF em relação ao patrimônio, seria necessário abrir uma LTDA, porque aí a empresa passa a ter personalidade jurídica própria.
Acredito que essa aula também pode te ajudar no entendimento:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/121622-curso-basico-de-legalizacao-de-empresas/2921848-o-que-e-natureza-juridica
Espero ter ajudado!