Bom dia, Mirianne,
A dúvida faz todo sentido, porque o que o senhor está buscando não é tecnicamente uma transformação societária no sentido do artigo 1.113 do Código Civil, que trata da mudança de um tipo societário para outro, como de limitada para sociedade anônima. O que ocorre aqui é uma alteração contratual que reúne dois eventos diferentes: a saída do sócio e o ajuste da qualificação jurídica da empresa de sociedade empresária limitada para sociedade limitada unipessoal. Por isso essa opção não aparece isolada nos sistemas de registro como se fosse uma transformação propriamente dita.
A base legal para a sociedade limitada unipessoal está no artigo 1.052, parágrafos primeiro e segundo, do Código Civil, com redação dada pela Lei 13.874 de 2019, a chamada Lei da Liberdade Econômica. Essa lei permitiu que uma limitada continue existindo com apenas um sócio, sem prazo para regularização, diferente da regra antiga que exigia a recomposição da pluralidade de sócios em até cento e oitenta dias sob pena de dissolução.
Na prática, o caminho é elaborar um único instrumento de alteração contratual contendo os seguintes pontos. Primeiro, a formalização da saída do sócio, com o fundamento legal adequado à situação concreta, podendo ser retirada consensual, cessão de cotas ao sócio remanescente, exclusão por justa causa nos termos do artigo 1.085 do Código Civil, ou ainda falecimento, cada uma dessas hipóteses com exigências próprias de comprovação e, no caso de exclusão por justa causa sem consenso, com necessidade de deliberação em reunião de sócios representando mais da metade do capital social e posterior notificação ao sócio excluído, podendo até demandar via judicial se houver litígio. Segundo, a redistribuição da totalidade das quotas ao sócio que permanece na sociedade. Terceiro, a alteração da natureza jurídica da empresa para sociedade limitada unipessoal, com menção expressa ao artigo 1.052 do Código Civil. Quarto, se for o caso, o ajuste das cláusulas de administração, já que a saída do sócio pode afetar quem exerce a administração da empresa.
Esse instrumento é então protocolado na Junta Comercial do estado onde a empresa está registrada, através do sistema integrado ao Redesim daquele estado, que pode se chamar Via Rápida Empresa em São Paulo, Empresa Fácil no Rio de Janeiro, ou ter outro nome dependendo da unidade federativa. Dentro do preenchimento do ato de alteração, normalmente existe a opção de indicar o evento de alteração do quadro societário, e é o próprio texto do contrato social alterado que já traz a nova qualificação como unipessoal, sem que exista um evento separado com esse nome específico. Vale a pena verificar diretamente no manual de registro da Junta Comercial do seu estado, já que a nomenclatura dos eventos pode variar um pouco de sistema para sistema.
Depois de deferido o registro pela Junta Comercial, a atualização cadastral perante a Receita Federal ocorre de forma automática, por conta da integração do Redesim, refletindo a nova natureza jurídica diretamente no CNPJ da empresa, sem necessidade de abertura de nova inscrição ou de processo separado junto à Receita. Vale ainda lembrar que, dependendo da atividade e do município, pode ser necessário atualizar também o alvará de funcionamento e outras inscrições acessórias, mas isso já é uma verificação pontual conforme o caso concreto de cada empresa.