Olá Francisca
Legalmente não existe vedação em ter CNAE de atividades distintas em seu CNPJ, o que não pode acontecer é ter dois endereços de dois comércios físicos em um único CNPJ.
Nesse seu caso, não tem problema, uma vez que uma atividade pode ser exercida em ponto físico enquanto outra não, sendo o endereço para a atividade de Locação apenas Fiscal.
Espero ter ajudado.