Olá Luis
Se a pendência foi realizada dentro do Prazo legal para Enquadramento no Simples Nacional, cabe recurso. Nesse caso, será preciso entrar em contato com a Prefeitura de São Paulo para solicitar documento, e atualização da pendência.
Infelizmente, o contrato é com a prefeitura que detém a dívida de ISS, após a atualização deles que você irá conseguir o recurso perante a Receita Federal.
Espero ter ajudado.