Olá Pablo
CNPJs de empresas com fins lucrativos (comércio, indústria, serviços) não podem receber a inclusão de atividades típicas de Instituições sem fins lucrativos (como escolas filantrópicas, associações culturais, entidades religiosas, ONGs, etc), pois a natureza jurídica é completamente diferente:
A empresa atual está registrada como sociedade empresária limitada, EIRELI ou MEI, cuja finalidade é o lucro. Já o instituto sem fins lucrativos é classificado juridicamente como associação ou fundação, regido pelo Código Civil.
Espero ter ajudado.