Bom dia, Natália,
Isso costuma acontecer porque o CNPJ na Receita Federal e a ficha cadastral da Junta Comercial são bases diferentes, e nem sempre a atualização acontece de forma simultânea. Vou explicar o que pode estar ocorrendo e como resolver.
Primeiro ponto importante: antes de mais nada, confirme se a alteração contratual foi de fato deferida e arquivada na JUCESP, e não apenas protocolada. Para isso, faça a consulta processual pelo número do protocolo diretamente no site da Junta Comercial de São Paulo, na opção de consulta de processos. Se o processo aparecer como deferido e arquivado, significa que o ato já foi registrado oficialmente, e o problema está apenas na atualização da ficha cadastral simplificada, que é um documento gerado a partir do banco de dados da própria Junta.
É bem comum que, mesmo depois do deferimento, a ficha cadastral leve alguns dias para refletir a mudança, porque a atualização dessa base às vezes não é automática e depende de um processamento interno que pode demorar. Nesses casos, o recomendável é aguardar um prazo razoável, algo entre cinco e dez dias úteis, e emitir a ficha novamente para verificar se já foi atualizada.
Se depois desse prazo a ficha continuar desatualizada, aí sim pode haver um problema de fato no cadastro da Junta, e não apenas uma demora normal de processamento. Nesse caso, o procedimento é abrir um pedido de retificação ou de correção cadastral diretamente com a JUCESP, anexando a alteração contratual já arquivada como comprovação de que o ato foi registrado corretamente. Esse pedido pode ser feito pelo canal eletrônico de atendimento da Junta, sem necessidade de abrir um novo processo de alteração contratual, já que o ato em si já está correto e vigente, o problema é apenas de exibição na ficha.
Vale lembrar também que, como o CNPJ já está atualizado pela Receita Federal, isso indica que a integração via Redesim funcionou normalmente e o ato foi reconhecido pelo sistema federal. Ou seja, para fins de validade jurídica do ato de saída do sócio, a empresa já está regular, o problema é apenas de exibição na Junta, que não compromete a validade da alteração, mas pode gerar transtornos em situações que exigem a ficha atualizada, como abertura de conta bancária, participação em licitações ou apresentação a terceiros.
Se a empresa precisar da ficha atualizada com urgência para algum desses fins, uma alternativa enquanto o pedido de correção é analisado é apresentar, junto com a ficha desatualizada, a cópia da alteração contratual já arquivada e o comprovante de protocolo, para demonstrar que o ato está regular e apenas pendente de atualização cadastral na base da Junta.