Bom dia, Jayne,
Entendo perfeitamente a sua dificuldade, porque essa situação de vincular múltiplos atos que envolvem estados diferentes é mesmo um dos pontos mais confusos do processo de registro mercantil, principalmente quando estamos falando de alteração com inclusão de CNAE em unidades da federação diferentes daquela da matriz, somada à abertura de uma nova filial.
Pelo que você descreveu, o problema está exatamente na forma como cada viabilidade foi processada. Quando a viabilidade da filial da Bahia foi vinculada e gerou um novo protocolo, esse protocolo já nasceu com uma vinculação específica para aquele ato. Na prática, a experiência que costuma acontecer nas Juntas Comerciais, incluindo a JUCEPI, é que não é possível simplesmente inserir outros atos dentro de um protocolo que já foi gerado e que já carrega uma vinculação própria. A vinculação entre os atos precisa ser definida no momento em que a viabilidade é solicitada, e não depois que o protocolo já existe.
Por isso a orientação que você recebeu de cancelar os demais protocolos e reaproveitar as taxas já pagas faz todo sentido dentro da lógica do sistema. O caminho correto, na prática, costuma ser este: você cancela as viabilidades que foram feitas separadamente para os outros quatro estados, solicita o reaproveitamento do valor das taxas já recolhidas, e ao refazer essas viabilidades você já indica, desde o início do preenchimento, a vinculação ao mesmo número de processo ou protocolo que está sendo usado como processo principal da matriz, que no seu caso parece ser o que já contempla a abertura da filial da Bahia. Fazendo assim, todos os atos passam a compor um processo único e consolidado, e a Junta consegue analisar e arquivar tudo dentro dessa mesma numeração.
Vale lembrar também que, por se tratar de alteração contratual com reflexo em outras unidades da federação, a regra geral prevista nas normas do Registro Mercantil, seguindo as diretrizes do DREI e da REDESIM, é que o ato principal seja arquivado primeiro na Junta da matriz, e depois seja comunicado e averbado nas Juntas dos estados onde estão as filiais. Isso reforça por que o sistema exige que exista um processo central na matriz ao qual os demais atos ficam vinculados, em vez de tratar cada estado de forma independente.
Uma outra coisa que recomendo verificar é o prazo de validade das viabilidades. Normalmente elas têm um período limitado, então ao refazer as solicitações vinculadas é importante confirmar se o prazo ainda está dentro da validade para não ter que reiniciar tudo novamente.
Como cada Junta Comercial tem particularidades no seu próprio sistema de protocolo, sugiro também confirmar esse procedimento diretamente com o atendimento da JUCEPI, explicando exatamente esse cenário de reaproveitamento de taxas e vinculação de múltiplos atos, para garantir que não haja nenhuma exigência adicional específica do sistema deles que não esteja documentada nos manuais gerais de registro.