Olá Sabrina, boa noite.
As pendências da matriz (dívidas, declarações, processos, protestos) não são automaticamente transferidas para a filial. Cada estabelecimento (matriz e filial) é tratado de forma independente em relação às suas obrigações fiscais e legais. No entanto, é importante lembrar que a empresa como um todo é responsável por suas obrigações.
É possível incluir uma cláusula para Administrador Não Sócio no contrato social que designe uma pessoa como administradora da filial sem que ela precise entrar no quadro societário.
OBS: somente podem ser administradores não sócios pessoas que sejam formadas e registrada no CRA.
Espero ter ajudado