Olá Adriana, tudo bem?
Essa é uma situação bem complexa, só que é bem comum com representantes de marcas como Natura e Avon, e realmente traz algumas limitações do ponto de vista contábil.
Essas empresas não permitem compras com CNPJ, apenas com CPF, justamente porque o modelo de negócios delas é baseado na consultoria e na venda direta realizada por pessoa física. Ou seja, não é possível formalizar essas vendas pela empresa ME da cliente, já que ela não consegue emitir nota fiscal de entrada nem registrar legalmente essas compras no CNPJ.
Nesse cenário, mesmo que ela tenha um CNPJ ativo com atividade de serviços, como promoção de vendas, as receitas da revenda de cosméticos continuam sendo receitas da pessoa física. Isso significa que todos os recebimentos via PIX, cartão, etc., que ela faz no CPF, devem ser considerados rendimentos pessoais (PF) e, dependendo do valor anual, precisam ser declarados no Imposto de Renda da Pessoa Física.
Ou seja: ela pode continuar atuando com a ME para os serviços, mas a atividade de revenda de cosméticos continuará sendo algo à parte, como pessoa física. Não tem como incorporar isso formalmente na empresa, a não ser que ela mudasse totalmente o modelo de negócio e abrisse uma loja/franquia dessas marcas, com contrato formal entre ela e as marcas (o que também tem um custo bem alto).
Espero ter ajudado!