Bom dia, Emmanuel,
Sim, mesmo depois da baixa normalmente ainda restam declarações a apresentar. A baixa do CNPJ encerra a existência da empresa perante os cadastros, mas não dispensa o cumprimento das obrigações acessórias referentes ao período em que ela esteve em atividade. A quitação dos débitos que você mencionou resolve a obrigação principal, que é o pagamento do tributo, mas as declarações são obrigações acessórias, com prazos e regras próprias, e continuam existindo mesmo depois do encerramento.
No seu caso específico, como houve uma mudança de regime no meio do processo, é preciso pensar nas obrigações separadamente para cada período.
Para o período em que a empresa ainda era MEI, ou seja, praticamente todo o ano de 2025 até o desenquadramento em dezembro, ainda será necessário apresentar a Declaração Anual do Simples Nacional para o MEI, a DASN-SIMEI, referente ao ano-calendário de 2025. Essa declaração informa o faturamento obtido durante o período em que a empresa esteve enquadrada como MEI e continua sendo exigida mesmo que ela já tenha sido desenquadrada e depois encerrada. O prazo de entrega é até 31 de maio de 2026, feita diretamente no Portal do Simples Nacional.
Para o período em que a empresa já era ME optante pelo Lucro Presumido, de janeiro de 2026 até a data da baixa, as obrigações mudam de natureza porque ela deixou de estar no Simples Nacional. A principal delas é a Escrituração Contábil Fiscal, a ECF, que também deve ser entregue referente a esse período, mesmo que tenha sido curto. Quando a baixa ocorre ao longo do ano, existe o que se chama de ECF de encerramento, com prazo diferente da ECF normal de julho do ano seguinte: ela deve ser transmitida até o último dia útil do terceiro mês seguinte ao mês em que ocorreu o evento de extinção na Junta Comercial, salvo quando esse evento acontece em dezembro, situação em que se aplica o prazo normal de julho. Se a empresa era obrigada a manter escrituração contábil regular, o mesmo raciocínio vale para a ECD, a Escrituração Contábil Digital, que também precisa de uma versão de encerramento seguindo essa mesma lógica de prazo.
Também é necessário verificar a entrega da DCTF ou da DCTFWeb referente ao período final de atividade sob o Lucro Presumido, informando os tributos federais apurados até o mês da baixa.
Se em algum momento essa empresa teve empregados registrados, vale confirmar se todos os eventos de fechamento no eSocial foram enviados corretamente, como o desligamento dos trabalhadores e os eventos periódicos de folha, além do evento de encerramento da empresa no próprio eSocial, que só deve ser transmitido depois que todas as obrigações trabalhistas estiverem regularizadas.
Por fim, dependendo da atividade exercida e do estado, pode existir ainda a exigência de entregar a EFD-ICMS/IPI ou a EFD-Contribuições referente ao período final, ou alguma declaração municipal, caso a empresa emitisse notas fiscais de serviço. Vale confirmar isso com base na atividade específica que ela exercia.
Uma forma prática de conferir se ainda existe alguma pendência é acessar o e-CAC e verificar a situação fiscal vinculada ao CNPJ, já que o sistema costuma indicar declarações em aberto mesmo depois da baixa ser processada. Isso é importante porque, mesmo com o CNPJ baixado, a falta de entrega de uma declaração obrigatória pode gerar multa, e essa responsabilidade recai sobre os sócios ou o responsável legal da empresa já encerrada.