Olá Daiane, tudo bem?
Você e seu cliente precisarão avaliar qual a forma mais benéfica para ele atuar.
Produtor rural pessoa física
Ele pode emitir nota fiscal de produtor rural eletrônica ou usar o bloco de produtor rural. Não precisa abrir CNPJ, usa o CPF para a atividade rural. Pode contribuir como segurado especial do INSS, que garante benefícios previdenciários específicos para produtores rurais, como aposentadoria por idade rural. Essa aposentadoria pode ser considerada mista se ele continuar com vínculo CLT. Recomendo consultar um advogado previdenciário para avaliar a melhor forma de contribuir, pois as regras de aposentadoria para produtor rural são diferentes das de contribuinte urbano.
MEI (Microempreendedor Individual)
A produção e venda de ovos caipiras não está na lista oficial de atividades permitidas para MEI, pois atividades rurais não são enquadradas nesse regime. Pode verificar se há alguma outra atividade que se encaixe, mas para efeito de imposto de renda, será necessário calcular a presunção para definir a parcela tributável e a parcela isenta. A parte tributável será somada à renda de CLT dele, o que pode resultar em imposto a pagar maior.
Se ele atuar como produtor rural pessoa física, deve declarar os rendimentos na ficha de atividade rural do IRPF. É possível registrar receitas e despesas no Livro Caixa da atividade rural, o que ajuda na apuração do resultado e do imposto devido.
De qualquer forma, avaliaria junto a um advogado a questão da aposentadoria, para que seu cliente (que já um senhor) não ter problemas nesse quesito.
Espero ter ajudado!