Olá Alex
Boa observação.
A ordem ideal do processo realmente começa pela Viabilidade, e só depois o Desenquadramento do MEI deve ser feito. Pois é fundamental verificar: Se a atividade pretendida é permitida na SLU no município; Se o endereço pretendido está de acordo com as exigências urbanísticas locais e se há restrições da Junta Comercial ou da Prefeitura quanto à natureza jurídica e CNAE pretendido.
Sem a aprovação da Viabilidade, o MEI corre sério risco de ficar sem CNPJ ativo, caso o desenquadramento seja feito antes.
Espero ter ajudado.