Olá Luis, tudo bem?
A venda de cotas de uma Ltda. feita por pessoa física configura uma alienação de participação societária, que é tributada pelo Imposto de Renda sobre o ganho de capital. Nesse caso, o ganho corresponde à diferença entre o valor da venda e o valor pelo qual as cotas foram adquiridas.
No seu exemplo, as cotas foram adquiridas por R$ 100.000,00 e serão vendidas por R$ 300.000,00, gerando um ganho de capital de R$ 200.000,00. Sobre esse ganho incide uma alíquota de 15% de IR, conforme previsto na legislação. O imposto deve ser pago por meio de DARF até o último dia útil do mês seguinte ao da venda.
Na declaração anual de Imposto de Renda da pessoa física, o contribuinte deve informar a venda na ficha de "Bens e Direitos", baixando as cotas vendidas, e também declarar o ganho de capital na ficha específica para isso.
Do ponto de vista da empresa, a venda de cotas é uma operação entre sócios e não gera receita ou despesa para a Ltda., portanto, não há registro contábil dessa venda. O capital social da empresa permanece o mesmo até que a alteração seja formalizada por meio de alteração contratual registrada na Junta Comercial, para refletir a nova composição societária.
É importante que o vendedor apure corretamente o imposto devido, pague o DARF e faça as declarações adequadas, enquanto a empresa deve providenciar a alteração do contrato social.
Espero ter ajudado!