Olá Patrícia, tudo bem?
Pela imagem, o indeferimento ocorreu porque o endereço informado está em condomínio residencial, e a legislação do município de São Paulo não permite instalar estabelecimento econômico nesse tipo de imóvel, mesmo que seja apenas endereço fiscal.
Para resolver entendo que os procedimentos seriam:
Retirar do objeto social ou CNAE qualquer atividade de comércio, caso ela não seja exercida, pois acredito que o comércio que exige local com uso permitido para essa finalidade.
Sugira ao cliente usar um endereço virtual (coworking, escritório virtual/endereço fiscal) que tenha viabilidade para a atividade (lembrando que ele terá um custo extra mensal/anual).
Caso queira manter o endereço, protocole recurso na Subprefeitura questionando a análise, embora a aprovação seja rara para condomínios residenciais.
Nesse caso, acredito que a solução mais prática é ajustar o CNAE para excluir comércio e utilizar endereço fiscal em local autorizado pela lei de zoneamento.
Espero ter ajudado!