Ola Rayane, tudo bem?
Sim. Ao baixar o CNPJ, as dívidas não são extintas. Como se trata de empresário individual (MEI/ME), os débitos ficam vinculados ao CPF do titular.
Assim, tanto o parcelamento do MEI quanto as pendências de 2025 como ME continuarão existindo e poderão ser cobradas do CPF após a baixa.
Para regularizar depois, o titular poderá quitar ou parcelar os débitos na Receita Federal ou na PGFN, caso já tenham sido inscritos em dívida ativa. Isso ocorre porque não há separação patrimonial entre empresa e pessoa física, conforme o Código Civil Brasileiro.
Espero ter ajudado.