Olá William, tudo bem?
Não é recomendável que o certificado digital do cliente seja encaminhado a terceiros para instalação em outras máquinas. Isso porque o certificado tem validade jurídica e fiscal, e qualquer envio de obrigação feito com ele gera responsabilidade para o titular.
O ideal é que, nesses casos, o parceiro responsável pela folha tenha procuração eletrônica no e-CAC e no eSocial, para poder acessar e transmitir as obrigações com o próprio certificado, mas em nome do cliente.
Outra alternativa é o acesso remoto controlado, quando o cliente mantém o certificado instalado em seu computador e autoriza o parceiro a acessar apenas quando necessário.
Essas opções são mais seguras e evitam problemas de responsabilidade e segurança de dados.
Espero ter ajudado.